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河南快3三同号遗漏分析表:微生物多樣性檢測

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產品介紹

 

 

 

菌群多樣性組成譜測序研究

 

 

菌群多樣性組成譜測序以細菌/古菌 16S rRNA 基因可變區、真菌 18S rRNA 基因可變

區或真菌 ITSInternal transcribed spacer)內轉錄間隔區等微生物特征序列(Signature

sequence)為靶點,通過檢測序列的變異和數量,反映菌群中各類微生物物種的身份和豐

度,從而快速解碼菌群物種分布特征,闡明樣本間多樣性和組成差異,進而發現差異相關物種。

   

產品特點

 

1. 直接對菌群樣本中的微生物特征序列進行擴增檢測,簡單快速且性價比高,并克服了絕大部分微生物無法純培養的難題;

 

2. 自動化、專業的 DNA 提取流程,配合高保真 DNA 聚合酶進行 PCR 擴增,并嚴格把控擴增循環數,確保菌群組成客觀真實;

 

3. 使用 Illumina MiSeq 的小型化測序平臺,周期更短,讀長更長(2´300 bp),每個樣本都能一次性獲得數萬條序列,即使低豐度物種也能精確定量;

 

4. 多種物種注釋數據庫可選,根據樣本來源按需選擇

 

Greengenes/Silva/HOMD/RDP/Unite/MaarjAM 等數據庫,最優化物種的分類鑒定;

 

5. 可對菌群進行代謝功能預測,通過組成數據,解讀潛在功能,并能指導后續宏基因組測序研究。


 

實驗流程

 

微生物組總 DNA 提取目標片段 PCR 擴增擴增產物檢測定量測序文庫制備上機進

 

行高通量測序

   

技術路線  


 典型分析結果展示

 


 

菌群物種分類組成的 Krona 交互展示圖

 

 UniFrac PCoA 分析的樣本三維排序圖


 

LEfSe 組間差異物種的顯著性排序圖

 

LEfSe 組間差異物種的分類等級樹圖


 

RDA 約束排序圖


 

物種互作關聯網絡圖

 

基于 16S rRNA 基因的 PICRUSt 功能預測小提琴圖


   

值得一試的深度分析內容

 

分析項目

分析要求

 

 

CAP 主坐標典型相關分析

分組2

 

 

菌群分型(Enterotype)分析

樣本20

 

 

ROC 曲線建模驗證分析

分組2

 

 

OTU樣本二分網絡分析

樣本3

 

 

物種——功能一致性 Circos 分析

樣本3